Sotto la chiesa della B.V. Annunciata si estende una vasta cripta affrescata dal pittore Volpino nel 1637, delle cui decorazioni purtroppo si conserva solo qualche traccia. A un piano ancora inferiore rispetto alla cripta si trova il sepolcreto, utilizzato per tumulare i resti dei degenti deceduti nell’Ospedale fino alla fine del Seicento (si stima che custodisca i resti di circa 150mila individui). Le camere sepolcrali furono poi ripristinate durante le Cinque Giornate di Milano per seppellire i morti in battaglia, poiché, a causa dello stato d’assedio, non era possibile raggiungere i cimiteri suburbani. Divenne così un luogo di celebrazione dei patrioti milanesi e nel 1860 fu in gran parte riadattato e trasformato in mausoleo cittadino (sulle pareti sono ancora visibili i nomi dei morti e le iscrizioni commemorative). Nel 1895 i resti dei caduti furono trasferiti nel nuovo Monumento alle Cinque Giornate progettato da Giuseppe Grandi.