Edificato grazie alla beneficenza di Enrico (1871-1925) ed Emilio (1876-1931) Zonda su progetto di Angelo Radaelli, il padiglione fu inaugurato il 1 maggio 1915, sotto la direzione medica di Baldo Rossi.
Adibito provvisoriamente alla cura dei feriti della Grande Guerra, dal 1919 ospitò malati di forme settiche, asettiche, traumatiche, con terrazze utilizzate per l'elioterapia. Nel 1927 nuovi spazi, tra cui l'aula ed il sopralzo del corpo centrale, furono dedicati alla Clinica Universitaria di Chirurgia. Il padiglione subì radicali modifiche a partire dal 1968, quando Edmondo Malan, Guido Melli e Giovanni Battista Lasio promossero l'istituzione di un efficiente Centro Trapianti di Rene. L'attività di trapianto è stata in seguito ampliata fino a comprendere i trapianti simultanei di rene-cuore e di rene-fegato.

Dal 6 marzo 2004 il Padiglione Zonda - radicalmente rinnovato nelle stanze di degenza, sale operatorie e rianimazione - è la nuova sede della Chirurgia Generale e dei Trapianti al Policlinico: un ambiente dotato di ogni comfort (camere da 1/2 letti con aria condizionata), quattro sale operatorie con strumentazioni all’avanguardia per i trapianti d’organo e le operazioni complesse di chirurgia generale, un reparto con otto letti di Terapia Semi-intensiva postchirurgica e una sezione di Radiologia.
Una struttura chirurgica così moderna consentirà di aumentare il numero e la qualità dei trapianti, punta di diamante dell’attività in Policlinico. Sono infatti 2.500 i trapianti di rene eseguiti dalla prof.ssa Luisa Berardinelli, 610 i trapianti di fegato dell’équipe del prof. Rainero Fassati e 23 i trapianti di polmone portati a termine sotto la guida del prof. Luigi Santambrogio.
Da oggi sarà possibile l’esecuzione contemporanea del trapianto di fegato e di polmone, e l’ampliamento del programma di trapianto di fegato da vivente. Ma si potrà effettuare anche il trapianto di intestino, per il quale il nostro IRCCS ha ottenuto l’autorizzazione ministeriale.

In questo padiglione sono presenti le seguenti Unità Operative:
- U.O. Chirurgia Generale 1
- U.O. Chirurgia Generale Trapianti di Fegato
- U.O. Chirurgia Vascolare e dei Trapianti di Rene
- U.O. Chirurgia Toracica e dei Trapianti di Polmone
- U.O. Radiologia
- U.O. Anestesia e Rianimazione
- U.O.S Medicina Perioperatoria