L'edificio, inaugurato il 28 dicembre 1963, fu eretto per sostituire e ampliare il vecchio fabbricato sorto come reparto di oncoterapia e isolamento della clinica Mangiagalli, oltre che l'adiacente Padiglione Rizzi, dal 1954 sede della clinica odontoiatrica. La nuova struttura era concepita per ospitare la clinica odontoiatrica (dal 1955 retta dal prof. Oscar Hoffer) e le specialità chirurgiche (con le degenze di chirurgia stomatologica, generale, infantile), alle quali andò ad aggiungersi la chirurgia plastica ricostruttiva, da poco elevata al rango di cattedra universitaria con il prof. Gustavo Sansevero Rosselli. All'ultimo piano si trovava un Centro di educazione del bambino ammalato, dotato di una grande aula circondata da vasto terrazzo. Il progetto e la direzione lavori si devono all'ingegner Claudio Grizzetti, mentre la consulenza per la parte igienico sanitaria fu fornita dal professor Carlo Scaglioni.
Un bassorilievo nell'atrio, opera di Salvatore Saponaro (1952), ricorda il medico Emilio Alfieri (1874-1949) al quale è intitolato il padiglione. Alfieri fu direttore della Clinica ostetrico-ginecologica dal 1927 al 1948, e si occupò di rinnovare gran parte della struttura dell'Istituto, dedicandosi anche al riordino della biblioteca e dando un nuovo assetto alla raccolta pelviologica. Da ricordare i suoi importanti contributi allo sviluppo della disciplina, sia con innovativi studi teorici, sia con l'introduzione di nuovi metodi e strumenti operatori.

In questo padiglione è presente la Direzione Medica del Presidio Mangiagalli e Regina Elena e le seguenti Unità Operative:
- U.O. Oculistica
- U.O. Otorinolaringoiatria
- Logopedia
- U.O. Ostetricia e Ginecologia 1
- U.O. Ostetricia e Ginecologia 2
- U.O. Chirurgia Pediatrica
- U.O.S.D. Urologia Pediatrica