La Biblioteca storica di medicina conserva ca. 17.000 volumi antichi, 36.000 opuscoli, 600 testate di periodici, 36 manoscritti, dall'anno 1476 al 1950. Della biblioteca fanno parte altri fondi librari minori pervenuti grazie a donazioni (circa 700 voll., dal XVII al XX secolo).
Al patrimonio librario si deve aggiungere anche la Biblioteca medica della Fondazione Donati (libri: 11.585 voll., 95 voll. antichi, estratti: 49.400 - rilegati in 1.226 voll.; periodici: 2.268 testate rilegate in 27.000 voll. circa).
L'Archivio storico è dotato di una propria biblioteca di consultazione (volumi 2250 circa), inoltre conserva bollettini ufficiali e testi giuridici dal sec. XIX al XX.
Dal 2005 si sono aggiunti alle collezioni anche i fondi della clinica Mangiagalli, particolarmente rilevanti per antichità e specializzazione delle opere (circa 20.000 volumi).

Catalogo della biblioteca storica